Задолго до того, как на Японских островах появились сами японцы, их населял совсем другой народ - Айны. Населял в течении 10 000 лет.
К настоящему моменту Айнов осталось не более 25 тысяч человек, но тайна их происхождения и языка все еще не раскрыта. Их внешность довольно необычна для азиатско-тихоокеанского региона. Типичный айн (которых сейчас уже почти не осталось) был довольно крупным, с прямыми или волнистыми черными волосами, сравнительно светлой кожей, большим носом, а главное, очень густой бородой.
В течение 2500 лет Айны оказывали сопротивление Японцам и их предкам, заселявшим Японские острова в течение 1 тыс. до н.э. Японцы и айны смешивались друг с другом, имел место также и культурный обмен.
Возвращаясь к проблеме происхождения Айнов, стоит сказать, что насчет этого есть множество гипотез, но нет устоявшегося мнения, подтвержденного фактами.
С точки зрения генетики, ситуация с Айнами крайне интересная. По мужской линии современная популяция Айнов имеет только 2 этнически-значимых мутации - М174 (гаплогруппа D) и М130 (гаплогруппа С). Общее соотношение М174 - 75%, М130 - 25%. У японцев в популяции есть эти мутации, но преобладающий (более половины населения) является М175 (гаплогруппа О).
Наиболее распространенная точка зрения на гаплогруппы "С" и "D" такова: распространение носителей этих гаплогрупп связано с прибрежными миграциями в Азии во времена каменного века. Генетическими же родственниками Айнов в данный момент являются аборигены Австралии (частично), некоторые народы Китая и Средней Азии и Тибетцы (наиболее близкие).
Итак, несмотря на то, что Айны родственны многим народам на континенте, их культура была крайне необычной и непохожей на другие, а самобытные традиции существенно обогатили культуру Японии, придав ей яркую индивидуальность, которая отличает страну Восходящего Солнца от стран материка.