Микробиота распределена неоднородно, ее численность сильно и постепенно увеличивается по ходу кишечника, достигая максимального значения в толстой кишке. Это может объясняться наличием в верхних отделах кишечника более агрессивной среды и действием пищеварительных ферментов.
Микробиота включает в себя так называемых облигатных представителей (постоянно присутствующих в организме хозяина) и транзиторных (поступающих из внешней среды и не способных к длительному существованию в здоровом организме). Находиться микробы могут в просвете кишечника (полостная микрофлора) и в пристеночной слизи (пристеночная, мукозная микрофлора).
По типу метаболизма различают протеолитические бактерии, осуществляющие гидролиз белков (кишечная палочка, бактероиды, протей, клостридии), и сахаролитические (бифидобактерии, лактобактерии, энтерококки), получающие энергию из углеводов.
Изучение микромира человеческого организма, в частности микробиоты кишечника, представляет собой важный научный и практический интерес. Имеющиеся данные предполагают, что состав микробиоты у каждого человека индивидуален. Это может стать ключом к разгадке причины различий, наблюдающихся в метаболических процессах у людей со сходными физиологическими данными. Более широкое внедрение в клиническую практику современных методов исследования, может получить большой массив данных для изучения и решения насущных научно-клинических проблем.